Das Prinzip des selbstorganisierten Lernens an der Nell-Breuning-Schule wird durch den in den Jahrgangsstufen 5-10 eingesetzten Freiarbeitspass unterstützt. Er ermöglich es Schüler*innen außerhalb des Klassenraumes in Einzel- oder Gruppenarbeit gezielt an einem vorgegebenen Thema zu arbeiten bzw. zu recherchieren. Die Organisation des eigenen Lernprozesses liegt dabei alleine in der Verantwortung der betreffenden Schüler*innen. Anfangs werden sie daher von den Lehrkräften durch die Wahl des Lernraumes unterstützt. In vielen Bereichen der Nell-Breuning-Schule ist ein Arbeiten an Gruppentischen in unmittelbarer Nähe zum Klassenraum möglich, in der Schülerbücherei kann man zu vorgegebenen Themen recherchieren und in der Lernlandschaft gibt es separierte Gruppenarbeitstische und, bei auftretenden Problemen, eine kompetente Ansprechpartnerin. In den höheren Jahrgängen ist es den Schüler*innen dann freigestellt, wo sie außerhalb des Klassenraums arbeiten möchten.

Damit ein produktives Arbeiten und ein Lernzuwachs in den Freiarbeitsphasen gegeben ist, ist die Ausgabe des Freiarbeitspasses an entsprechende Leistungen im Arbeits- und Sozialverhalten gekoppelt. Es ist außerdem jederzeit möglich, dass Schüler*innen durch unangemessenes Verhalten das Privileg der Freiarbeit außerhalb des Klassenraumes verlieren.